Sim! O vale alimentação não integra a remuneração do empregado e, portanto, pode ser descontado mesmo em caso de falta justificada. 

Mas calma! Existem exceções: caso haja convenção coletiva da categoria profissional ou acordo coletivo que defina a possibilidade de recebimento do vale-alimentação ou vale-refeição em caso de falta, estes não serão descontados.

Art. 457 da CLT.

Fonte: TST